Você pode personalizar os locais / pastas do índice usando tracker-gui .
Instale-o com este botão:
ou usando o seguinte comando:
sudo apt-get install tracker-gui
Após a instalação, vá para a guia "Locais". Clique no botão + e adicione os diretórios / locais específicos que você deseja indexar.
Não é preciso dizer que a unidade deve ser montada para poder ser indexada.
Espero que ajude.
Ou você pode ir até aqui e adicionar a "não registrar atividade":
Ou então, Você também pode fazer o seguinte: Instale o activity-log-manager
sudo add-apt-repository ppa:zeitgeist/ppa
sudo apt-get update && sudo apt-get install activity-log-manager
Você pode iniciá-lo procurando por ele no Unity. Uma vez carregado, você encontrará a opção de impedir que determinadas pastas sejam registradas na guia Arquivos. Espero que ajude.