Ok, isso geralmente é um problema de hardware, mas pode ser um driver. Normalmente, se você ver isso relacionado X é um driver de vídeo obsoleto. Tente atualizar seus drivers de vídeo. Finalmente você sempre pode
echo 0 > /proc/sys/kernel/hung_task_timeout_secs
Isso efetivamente será sintoma, mas o problema permanecerá. Isso certamente está relacionado a hardware com falha ou a drivers ruins. O fato de você poder reinicializar através da linha de comando me faz acreditar que é um driver de vídeo ruim. Certifique-se de ter executado o driver de vídeo mais recente e de que, quando você atualizou para o 12.04, você continuou usando o mesmo driver que estava usando quando estava funcionando (aberto v.s. propitiatory).
Outra coisa é ver se você não tem nenhum compartilhamento de rede montado. Quando você sai do gerenciador de rede X, encerra uma conexão sem fio. Isso fará com que o sistema seja interrompido por vários minuets por sistema de arquivos lido . Durante o desligamento, isso pode ser um processo demorado. O teste / correção rápida é garantir que todos os compartilhamentos remotos sejam desmontados antes de efetuar logout. Se for esse o caso, você deve tentar ajustar seus comandos de montagem para mostrar que eles são montagens de rede e devem ser desmontados antes de você desligar a conexão wifi. Isso varia de acordo com o sistema de arquivos e o tipo de montagem.