Ok, primeiro, o que exatamente você quer dizer com comportamento maluco? Explique exatamente o que faz. Enquanto isso, posso sugerir algumas coisas. Veja se isso funciona.
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Vá para o Ubuntu Software Center e pesquise o GPointing, ele deve mostrar um software chamado "Dispositivos apontadores". Este é o gerenciador de configurações do dispositivo para mouse e touchpad. Tente alterar algumas configurações lá. Por exemplo, tente desativar a rolagem de borda ou tente alterar a velocidade. Apenas tente brincar com as configurações, veja o que ele faz.
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Já experimentou outro mouse? Pode ser um problema de hardware também. Eu não acho que é, porque você disse que funciona no desktop ok. Mas tente outro mouse. Veja se o comportamento muda.
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Tente alterar as configurações nos jogos, talvez com gráficos menores.
Deixe-me saber se isso ajuda de alguma forma.