Talvez você possa usar o Zotero para isso: link
É um software destinado ao gerenciamento de bibliografia, mas é possível adicionar notas e marcar os itens lá.
Estou procurando um gerenciador de citações (ou seja, um programa para organizar e comentar citações textuais), amigável ao desktop do Ubuntu. Eu encontrei textcite , mas eu preferiria algo nativo ao linux. Quais opções nós temos?