Com os drivers nvidia instalados, o skype está procurando por um i386 lib fornecido pelo pacote nvidia. Como isso não existe, não há problema em usar o i386 libGL.so.1 fornecido pela mesa.
Testado em (ubuntu-gnome raring, usando nvidia-325) e (ubuntu-gnome saucy, usando nvidia-319), conseguimos consertar isso da seguinte forma:
update-alternatives --display i386-linux-gnu_gl_conf
Isso mostrará a você quais são as opções disponíveis.
i386-linux-gnu_gl_conf - auto mode
link currently points to /usr/lib/nvidia-325/alt_ld.so.conf
/usr/lib/i386-linux-gnu/mesa/ld.so.conf - priority 500
slave i386-linux-gnu_xorg_extra_modules: /usr/lib/i386-linux-gnu/xorg/x11-extra-modules
/usr/lib/nvidia-325/alt_ld.so.conf - priority 8602
Current 'best' version is '/usr/lib/nvidia-325/alt_ld.so.conf'
então, faça o seguinte:
sudo update-alternatives --config i386-linux-gnu_gl_conf
selecione a melhor alternativa (selecionei i386-linux-gnu / mesa / ld.so.conf): Na saída abaixo há duas opções para a alternativa i386-linux-gnu_gl_conf (fornecendo /etc/ld.so.conf.d/i386-linux-gnu_GL.conf).
Selection Path Priority Status
------------------------------------------------------------
* 0 /usr/lib/nvidia-325/alt_ld.so.conf 8602 auto mode
1 /usr/lib/i386-linux-gnu/mesa/ld.so.conf 500 manual mode
2 /usr/lib/nvidia-325/alt_ld.so.conf 8602 manual mode
Press enter to keep the current choice[*], or type selection number: 1
update-alternatives: using /usr/lib/i386-linux-gnu/mesa/ld.so.conf to provide /etc/ld.so.conf.d/i386-linux-gnu_GL.conf (i386-linux-gnu_gl_conf) in manual mode
Depois de ter concluído isso, tente executar:
sudo ldconfig
e depois você está pronto.