Você pode tentar usar iconv para converter a entrada para a codificação correta. Infelizmente eu não posso te dar uma ajuda mais precisa, apenas um exemplo de uso eventual:
html2text myfile.html | iconv -f iso-8859-1 -t utf-8 -c > good_output.txt
É claro que você tem que substituir seus próprios charsets.
Atualização:
No seu caso, a solução de trabalho é adicionar o parâmetro -utf8 a html2text :
echo आचार्यपूज्यपादानामिष्टं | html2text -utf8