Então eu encontrei a solução mais louca. Voltei para o Windows e comecei a inspecionar os arquivos. Acidentalmente eu tive monitor de tráfego de rede aberto e cada vez que eu abria um arquivo havia algum tráfego de entrada acontecendo.
Então, sim, você adivinhou. Esses inode / symlinks não eram links para um arquivo em algum outro local, mas eram links reais para a nuvem do Onedrive. O OneDrive agia como uma espécie de sobreposição e imitava os arquivos como se estivessem lá, então eu consegui abrir esses arquivos no Windows, mas não no Ubuntu.
O que você precisa fazer para acessá-los a partir de outro sistema operacional diferente do Windows é: abra cada arquivo para que seja baixado sob demanda. Espero que o MS atualize o OneDrive para que ele faça isso em segundo plano, porque isso é bobagem =)