Já instalou um driver para a sua placa gráfica? Você pode precisar usar o driver opensource para resolver o problema. Tente este link para mais informações sobre drivers de código aberto: link
Eu recentemente instalei o Ubuntu 14.04 e, por algum motivo, quando eu tenho todos os 3 monitores ativados, fico com um estranho piscar de olhos / atraso do mouse ... mas quando eu desabilito e deixo um habilitado, tudo bem.
Eu tenho 2x Nvidia GTX670s