Na maioria das vezes em que ssh ignora um arquivo, isso ocorre porque as permissões de arquivo estão erradas.
Por exemplo, man ssh_config diz:
Você também deve verificar as permissões de todos os diretórios pai do arquivo. Ou seja, se sua casa for /home/rob , você deverá verificar as permissões de /home , /home/rob , /home/rob/.ssh e /home/rob/.ssh/config .
Supondo que sua casa já tenha permissões seguras, um comando que geralmente ajuda é:
chmod -R go= ~/.ssh
Lembre-se de que ssh -vvv host.engin.x.edu é útil para depurar esses problemas.