Como o sistema já formatou as partições e começou a copiar os arquivos, não há muito o que fazer, mas espere até que acabe e veja o que você obtém. Se você não tocou na partição do Windows na etapa de particionamento, tudo bem.
Sobre o gerenciador de inicialização: instalá-lo no registro mestre de inicialização do seu disco rígido também não alterará a instalação do Windows. O pior que pode acontecer é que se você quiser se livrar do Ubuntu mais tarde, você terá que restaurar o gerenciador de partida do Windows (veja aqui ).