Eu encontrei a solução. Em primeiro lugar, pensei que era porque alguns pacotes como o libglib ou libgtk. Mas o problema foi por causa de algo mais. Eu também tive problema com a animação e borda do windows. Eu não fui capaz de alternar entre as janelas. Para resolver este problema, basta reinstalar o compiz usando o comando fornecido na pergunta
Veja o link acima e siga as instruções. É uma solução para o tema Faiança, mas pode ser aplicada ao tema elementar.
cd /usr/share/themes/elementary/metacity-1
~/.themes/elementary/metacity-1 if you installed it by hand
sudo mv metacity-theme-3.xml metacity-theme-3.xml-OLD
Se você renomear o arquivo de metacity, poderá alterar o tema GTK usando o Ubuntu Tweak, o que fará com que o seu painel cuja imagem eu compartilhei na pergunta pareça normal, mas o tema da janela elementar pode não funcionar.
Para que o tema da janela funcione, em primeiro lugar, reinicie e modifique o mesmo arquivo de metacity para o normal, ou seja, remova o "-OLD"
sudo mv metacity-theme-3.xml-OLD metacity-theme-3.xml
e tente alterar o tema da janela usando o Ubuntu Tweak. Isso irá restaurar tudo de volta ao normal. Se isso não funcionar. aqui estão alguns links que você pode ver.
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Felicidades!