Existem vários bugs do Ubuntu no launchpad sobre as configurações dos atalhos de teclado sendo redefinidas para o padrão.
Parece que quando você alterna a configuração 'Backend' para 'Backend de configuração de arquivo simples' no Gerenciador de configurações do CompizConfig em 'Preferências', as alterações dos atalhos de teclado parecem persistentes. Você terá que fazer uma unidade - substituir as mudanças para ter efeito.