Não tenho permissão para comentar devido à minha reputação, portanto, como resposta: Por acaso você mudou alguma coisa para sua configuração de hardware? Adicionado um disco rígido / drive? Ou talvez alterou a ordem? Ou talvez alterou qualquer ordem no seu BIOS?
Essas edições podem mudar a ordem do Grub (o gerenciador de inicialização, que lida com sua escolha de inicializar o Win / Ubuntu) lê as unidades e informa ao Windows como acessá-las.
Por exemplo: (HD0,0) poderia ser rotulado / dev / sda1 durante a instalação, enquanto alterando algo, (HD1,0) aponta para / dev / sda1 e (HD0,0) aponta para label / dev / sdb1 )