No CD do Ubuntu, se bem me lembro, há uma opção para inicializar no primeiro disco rígido encontrado pelo carregador. Você já tentou isso? Se isso funcionar para você, então provavelmente o GRUB (bootloader para iniciar o sistema operacional, após o bios ter decidido inicializar a partir da primeira unidade que ele irá selecionar um sistema operacional para o GRUB) foi instalado errado ou no local errado. Existem muitas páginas no site de ajuda do Ubuntu que podem explicar como fazer isso melhor do que eu. Apenas o Google 'reinstale o grub ubuntu' os que são 'help.ubuntu.com' são os que você quer.
Se isso não funcionar, eu recomendaria apenas tentar reinstalar novamente e, se possível, selecionar a opção para instalar o GRUB no MBR (Master Boot Record, basicamente uma lista de sistemas operacionais no disco rígido), em vez de a primeira partição, como às vezes acontece.