Você poderia tentar isso, se você não tiver instalado o gerenciador de configurações do compiz, faça isso executando:
sudo apt-get update
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Uma vez instalado, clique em Sistema > Preferências > Gerenciador de configurações do Compiz
Em seguida, vá para Focus & amp; Aumentar Comportamento > Geral e definir Nível de Prevenção do Foco como Desligado
Testado no Ubuntu 16.04.