"Conectar" a um script geralmente significa que seu programa está escutando um soquete e você deseja se conectar a esse soquete.
Eu acho que você quer dizer como substituir o script que está sendo executado em segundo plano.
A maneira mais simples é eliminar o processo e reiniciar a nova versão a ser executada no fundo de um terminal:
nohup python your_script.py &