Eu personalizei os locais de pasta padrão para Documentos, Downloads, Imagens, etc., modificando o ~/.config/user-dirs.dirs . Eu uso uma partição NTFS separada para poder usar as mesmas pastas no Windows (dual boot).
Isso funciona bem para a maioria dos programas. Infelizmente os programas Java e Wine não reconhecem essas pastas e cada vez que eu salvar um novo arquivo, eu tenho que navegar para a pasta de documentos a partir do root. No passado, eu usava links simbólicos na minha pasta pessoal para contornar esse problema.
Existe uma maneira de configurar esses locais de pastas personalizadas para programas Java e Wine sem colocar links simbólicos em minha pasta pessoal?