Pode ser que você tenha limpado as partições, mas não o MBR. Se você planeja usar a unidade inteira apenas para o Ubuntu, basta escolher a opção para excluir todos os outros sistemas operacionais.
Se você estiver planejando uma inicialização dupla, deverá configurar o Windows primeiro. Se você ainda for capaz de recuperar o Windows para o computador a partir da partição de recuperação. Então inicie no Windows e instale o Ubuntu usando o Wubi.