Eu tive um problema semelhante. Minha tecla Ctrl direita parou de funcionar após a atualização para o Kubuntu 14.04. Eu resolvi isso fazendo o seguinte:
Verificando o mapeamento atual das chaves. Em um tipo de terminal:
$ xmodmap -pke | grep 37
keycode 37 = Control_L NoSymbol Control_L
Esta é a ligação atual da sua tecla ctrl esquerda. Agora, verifique a chave certa:
$ xmodmap -pke | grep 105
keycode 105 = ISO_Level5_Shift NoSymbol ISO_Level5_Shift
Eu tive essa saída estranha, claramente a chave certa não foi vinculada a nada. Para corrigir isso, eu configurei um arquivo .Xmodmap personalizado:
$ echo -e 'clear control\nkeycode 105 = Control_R\nadd control = Control_R Control_L' > ~/.Xmodmap
$ xmodmap ~/.Xmodmap # apply the configuration
Espero que ajude você também!