Eu tenho o mesmo problema. Eu não sei como consertar isso, mas eu criei um trabalho decente. Eu adicionei um lançador no painel superior para alternar para o gerenciador de janelas do Metacity.
- Clique com o botão direito no painel e clique em "Adicionar ao painel ..."
- Escolha "Iniciador de aplicativos personalizado" e clique em "Adicionar"
- Digite o que você quiser para o nome. Eu chamei de "Metacity"
- Digite "metacity --replace" (sem as aspas) para o comando
- Opcionalmente, preencha a caixa de comentários e escolha um ícone (usei o vinagre.png desde que o rodei no VNC)
Quando faço login remotamente, a primeira coisa que faço é clicar no lançador do Metacity e a tela começa a ser atualizada corretamente.
Eu tenho o ícone de fusão instalado, então eu o uso para voltar ao invés de fazer um lançador para o Compiz. Se você quiser usar um lançador para voltar ao Compiz, siga os mesmos passos para o Metacity, mas use o comando "compiz --replace".