O mais recente (no momento de escrever esta resposta) o armazenamento das configurações do gnome-terminal é o dconf. O terminal requer o pacote gsettings-backend-dconf . No entanto, às vezes (talvez em outras distribuições), o terminal é instalado sem essa dependência. Quando isso acontece, o gnome-terminal funciona e é aberto, mas não retém nenhum novo perfil e nenhuma alteração no perfil existente.
Abaixo estão os passos que resolveram este problema para mim:
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Instale o pacote dconf-gsettings-backend
sudo apt instala o dconf-gsettings-backend
Após este passo, pude ver que o arquivo ~/.config/dconf/user
foi criado.
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Reinicializar
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Tente editar ou adicionar um novo perfil