Você está falando de dois discos rígidos separados. Ao desconectar a unidade antiga e substituí-la por uma nova, a instalação do Ubuntu e do Windows, como inicialização dupla, deve ser OK. Agora, voltar ao disco rígido antigo funcionará, pois as duas unidades não têm nada a ver uma com a outra. O Grub2 reside no disco rígido e não no BIOS.
Para obter ajuda sobre como instalar o Ubuntu e o Windows na mesma unidade, dê uma olhada em Windows Dual Boot .
Agora, se você não conseguir inicializar a partir de qualquer USB ou CD, você pode querer considerar a instalação em rede, para o check-out instalação do Ubuntu