Você não precisa usar sudo ou gksudo para abrir o Synaptic. Basta procurar por Synaptic no Dash e clicar no ícone Synaptic. Você será solicitado a autenticar com sua senha de usuário para abrir o Synaptic.
Você não precisa usar sudo ou gksudo para abrir o Gedit. É uma má ideia de qualquer forma, pois pode causar corrupção de dados. Em vez disso, use sudo nano
do terminal. Nano é um programa de terminal, por isso é executado a partir do terminal em vez de uma interface gráfica do usuário. Você também pode usar o vi em vez do nano, mas o nano é mais fácil de usar.
Você não precisa abrir o XTerm como root. Em vez disso abra o XTerm e use o comando sudo
no XTerm da mesma maneira que você faria no aplicativo padrão do Ubuntu.