o comando dd
soa bem para o trabalho.
Em qualquer caso, mesmo que não funcione por algum motivo, ele não vai atrapalhar nada no seu velho pendrive, pois é só ler e escrever para o outro.
No entanto, para acelerar as coisas, aconselho-o a usar o sinalizador bs
e configurá-lo para 512k, para que seu comando fique parecido com
dd if=/dev/disk2 of=/dev/disk1 bs=512k
isso define o tamanho de blocos de leitura / gravação para 512kb em vez dos 512 bytes padrão