Para ocultar um arquivo ou pasta basta renomeá-lo e colocar um "." na frente de seu nome
mv /home/user/Desktop/file1 /home/user/Desktop/.file1
isto ocultará arquivos / pastas.
Ou
Para mover os arquivos de backup para outro local, use o comando Mover no terminal
mv /home/user/Desktop/file1 /place/where-to/move
Para mover determinados tipos de arquivos, como arquivos .sql
mv /home/user/Desktop/*.sql /plcae/to/move
Para mover o arquivo que termina com "~" use
mv /home/user/Desktop/*~ /plcae/to/move