Recentemente eu também tive que criar uma instalação autônoma usando o Ubuntu 12.04,2 LTS. Primeiro, tentei trabalhar com a versão para desktop do Ubuntu, mas não consegui nem iniciar o instalador no modo de texto. Minha experiência é que a versão gráfica simplesmente não obedece ao arquivo de kickstart e a preseed também não parece funcionar. Eu não estou dizendo que eles não funcionam, mas eu não poderia trazê-los para o trabalho.
Minha solução é usar a versão do servidor do Ubuntu e executar o instalador no modo de texto. Ele lê meu arquivo ks.cfg e ks.preseed como eu queria, eu poderia adicionar pacotes extras à minha imagem ISO, e funciona como um encanto.
Você não descreveu exatamente que tipos de problemas está tendo, mas, se ainda o fizer, descreva-os detalhadamente!