Não use ubuntu-12.04.2-desktop-amd64+mac.iso do link . É uma versão sem suporte, cujos benefícios não são claramente comunicados no site ("Esta imagem é ajustada para funcionar corretamente em sistemas Mac"). O nome do arquivo sugere ser uma versão especial para Mac, mas a imagem não possui um bootloader compatível com EFI ( mais informações ), então a única maneira de inicializar esta imagem em um Mac é a partir do CD no modo de compatibilidade do BIOS, não no modo EFI. Portanto, a inicialização desta imagem a partir do pendrive USB não é possível.
Teste ubuntu-12.04.2-desktop-amd64.iso do link . Esta imagem vem com um carregador de inicialização compatível com EFI e é inicializável no Mac a partir de CD ou pendrive USB no modo EFI (testado neste momento no MacBookPro5,5). Para inicializar a partir do USB, basta copiar a imagem para o seu pendrive da maneira que você costumava fazer antes.
A ferramenta rEFIt é desnecessária para uma única inicialização via LiveCD ou LiveUSB, mas é útil se você planeja ter opções de inicialização dupla ou tripla em seu HDD.