Se você tiver certeza de que não usará o Windows, instale o Ubuntu no 40Gig do DVD / USB. Você pode então usar a segunda unidade para armazenar seus dados pessoais - isso facilitará a atualização. Você pode remover as partições após ter instalado o Ubuntu no 40Gig abrindo Discos do painel.
Se você quiser manter o Windows para o caso, instale o Ubuntu no 80Gig a partir de um DVD / USB. A instalação deve dar a você a opção de limpar a unidade inteira e instalar o Ubuntu depois de escolhê-lo como a unidade para instalar o Ubuntu.