Eu tive um problema semelhante:
- O Windows 7 já estava instalado (e funcionando bem)
- Instalado o Ubuntu 13.04 com a opção de instalar ao lado do sistema operacional existente
Então, o Windows 7 demorou muito tempo (2-3 minutos) para inicializar. Além disso, era muito lento, os sons do sistema eram reproduzidos distorcidos e o touchpad era lento.
Infelizmente, não tenho uma boa solução; Eu inicializei com um stick USB Ubuntu ao vivo e executei o "OS Uninstaller" para remover a instalação do Ubuntu na máquina. Depois disso, o Windows 7 é executado muito melhor.
Eu suspeito que tenha algo a ver com a inicialização do Windows 7 a partir do menu GRUB, em vez de através de seu próprio gerenciador de inicialização, mas eu não tive a chance de investigar.