Isso geralmente acontece quando um pedido / lançador é executado sem ter um arquivo .desktop específico em /usr/share/applications ou ~/.local/share/applications .
Eu tenho medo de estar errado, mas, com base em minha experiência pessoal, isso é o que eu acho que está acontecendo.
Provavelmente, é porque o arquivo .desktop nos diretórios acima não inicia a mesma ordem exata que você inicia pelo terminal. Digamos que seu arquivo application.desktop contenha
Se você iniciar app do terminal, de alguma forma ele será relacionado ao arquivo application.desktop , mas usará apenas o ícone de tamanho pequeno, em vez de escolher o apropriado para a situação.
No entanto, não sei como resolvê-lo adequadamente. Modificar o arquivo .desktop pode funcionar, mas não tenho certeza.