update-rc.d é de fato o modo usual ... de mudar uma prioridade de init sysvinit (não upstart, não systemd).
Esses scripts sysvinit estão em /etc/init.d
Mas o Upstart não usa update-rc.d nem /etc/init.d (exceto pela compatibilidade legada). Portanto, a resposta curta à sua pergunta é que o software bluetooth usa os trabalhos do Upstart em vez dos scripts do sysvinit.
Uma boa maneira de desativar permanentemente um trabalho inicial é renomear o arquivo .conf.
Exemplo:
sudo service bluetooth stop
sudo mv /etc/init/bluetooth.conf /etc/init/bluetooth.conf.disabled
Você pode reativar mudando o nome de volta para bluetooth.conf sem reiniciar.
sudo mv /etc/init/bluetooth.conf.disabled /etc/init/bluetooth.conf
sudo service bluetooth start
Você altera as dependências da inicialização automática editando o arquivo .config.