Eu meio que tive o mesmo problema quando tentei instalar o Ubuntu pela primeira vez. Originalmente meu laptop veio com o Windows 8. Depois de habilitar o sistema operacional legado na BIOS eu consegui instalar o Windows 7, mas instalei na estrutura original do Windows 8, mas quando tentei instalar o Ubuntu, a opção de instalar junto com o Windows foi não disponível. Eu tentei reparar o Windows para ver se talvez a estrutura de inicialização foi instalar incorretamente, reiniciar após a reinicialização, ajustes esquerda e direita dentro do Windows eo BIOS para tentar permitir que o Ubuntu seja carregado lado a lado com o Windows, mas nada funcionou. Eu acabei tendo que reinstalar o Windows 7 e limpando todo o disco rígido quando eu fiz isso. Uma vez que o HDD foi limpo e uma nova instalação do Windows 7 foi carregada, o Ubuntu mostrou a opção de instalar junto com o Windows.
Meu melhor palpite a respeito de porque eu tinha o problema era que com a configuração original, o UEFI (Unified Extensible Firmware Interface, junto com o formato não permitia que o Ubuntu verificasse com precisão outros sistemas operacionais. Infelizmente eu não conhecia o Ubuntu o suficiente para descobrir por conta própria.
Espero que isso ajude um pouco.