A razão pela qual eles são diferentes, é porque são coisas diferentes. A primeira imagem é a visualização de configurações de contas on-line do GNOME, que não permite que aplicativos ou plug-ins adicionem suporte a outros serviços. O segundo é o modificado no Ubuntu, que permite tais habilidades.
No entanto, nenhum destes tem nada a ver com o suporte ao Webapps no Unity, na verdade. Se você quiser habilitar o suporte ao Unity Webapps para o GMail, então você deve ir para o link e selecionar para integrar no Ubuntu, quando o pop-up do navegador pedindo pra você, vem pra cima. Isso adicionará o ícone ao lançador e deverá mostrar as contagens de mensagens no indicador de mensagem e assim por diante.