Existem alguns problemas com a sincronização de arquivos do Ubuntu One. Parece estar em curso, apesar de algumas melhorias, se você esperar o tempo suficiente, eles devem eventualmente sincronizar. Veja o aviso atual nesta página: link
Como mencionado aqui Eu até tentei desconectar e reconectar, mas alguns arquivos (todos eles são arquivos do LibreOffice) ainda não foram sincronizados. O que fazer?
Estou em 12.04