Vá para a opção Ferramentas do Thunderbird > clique em complementos > procure por "ImportExportTools" uma vez encontrado, instale-o. Agora reinicie o TB. Em seguida, abra Ferramentas e desça para ImportExportTools. Agora você pode exportar para qualquer pasta específica que desejar.
Agora, uma vez exportado para sua pasta especificada, você pode mover do Win 7 para o Ubuntu. Mais uma vez, abra a opção de ferramentas e, em ImportExportTools > Importe a pasta que você exportou anteriormente. opção aqui "select a directory where searching the mbox files to import (also in subdirectories)".
O TB usa basicamente a mesma estrutura no Windows e no Ubuntu. Então, como um exemplo, o arquivo seria. /home/USERNAME/.thunderbird/lmqobi46.default/Mail/Local Folders