James está correto, no entanto, se você quiser uma caixa pop-up real:
Primeiro, crie um novo arquivo em algum lugar chamado runffox.sh, certifique-se de criá-lo como seu usuário. por exemplo. /home/username/runffox.sh
Por dentro, coloque
zenity --warning --text="MESSAGE"
firefox
Onde MESSAGE é o texto que você deseja mostrar.
Em seguida, no terminal
sudo chmod 755 /home/username/runffox.sh
Isso permite que todos executem o arquivo, mas apenas o usuário possa editá-lo. Se você quiser que apenas o root seja capaz de editar a alteração do arquivo 755 para 555
Agora no tipo de terminal
sudo gedit /usr/share/applications/firefox.desktop
Alterar
Exec=firefox %u
para
Exec=/home/username/runffox.sh %u
Agora, se você iniciar o Firefox na barra lateral ou na área de trabalho, etc., ele mostrará a mensagem e, em seguida, abrirá o Firefox depois que você fechar a mensagem.
Além disso, para mais opções com zenity para editar a mensagem pop-up,
man zenity
p.s. Não tenho certeza se um comando de duas partes pode ser colocado após Exec =, se alguém com mais experiência puder verificar, poderá pular a criação do arquivo .sh.