ok, tenho a resposta. Desde que eu estava em um ambiente corporativo, havia muitos links simbólicos criados. Eu tive que pedir explicitamente para encontrar o comando para também seguir os links simbólicos. Então o comando agora é assim:
find -L /apps -name "*.log" -exec grep -H "ERROR" '{}' \; -print
O problema eram diretórios como logs1 e logs2 eram links simbólicos e, portanto, não eram seguidos pelo comando find. A opção -L força o comando a procurar nos links sym também.