Execute o seguinte, aparentemente gnome3 armazena a configuração em formato binário.
sudo apt-get install dconf-tools
Execute: dconf-editor para editar a configuração.
Ir para: org- > gnome- > gnome- > painel- > layout
Os padrões são: (clique duas vezes para editar)
object-id-list ['menu-bar', 'indicators', 'show-desktop', 'window-list', 'workspace-switcher']
toplevel-id-list ['top-panel', 'bottom-panel']
Encontrei a resposta no collum "Related" à direita