É quase impossível que a instalação do Ubuntu Server afete o funcionamento do mouse no Windows 7 - nenhum código do Ubuntu é executado quando você inicializa no Windows 7, são apenas bits no disco rígido.
Verifique o cabo, talvez coloque pilhas novas se for um mouse sem fio.
Eu também tentaria desconectar o mouse após o Windows ter sido carregado e conectado novamente.