Infelizmente não há nenhum visualizador nativo de pdf linux que ofereça recursos decentes de anotação.
Resolvi usar o Foxit Reader para Windows (a versão do Linux é realmente básica). e PDF Xchange Viewer através do Wine (versão 1.5 instalada através de um ppa ). O primeiro funciona melhor com o vinho, mas este último incorporou o OCR e melhores recursos de anotação, na minha opinião. É um jogo próximo em qualquer caso. Eu tenho usado o Foxit Reader 5.4 até a semana passada e estou usando o visualizador XChange agora.
Para que funcione da melhor maneira, veja como: link