Você pode desinstalar todos os kernels mais antigos do Ubuntu, e as "Opções Avançadas" para o Ubuntu devem sair pelo menos. Possivelmente o mesmo para o CentOS. Acho que nunca vi uma seleção de "Opções avançadas para o Windows".
Além disso, se você tem o CentOS e o Ubuntu instalados em disco, existe a chance de eles lutarem pela instalação do grub no MBR (ou onde quer que seu grub esteja instalado) também.