Abra um terminal, vá para esse diretório:
cd directory-name
Em seguida, liste TODOS os arquivos:
ls -la
É provavelmente um problema de permissão / propriedade de arquivo.
Atualizar
O processo de cópia de arquivos deixou esses arquivos 'de propriedade' por root. Você poderia mudar isso com: chown OWNER:GROUP
Mas, alguns dos arquivos também foram copiados incorretamente (ou corrompidos), e você pode precisar copiá-los novamente.