Eu vi uma resposta para isso em outro site, mas eu não consigo encontrar o link para ele, basicamente você configura os atalhos que iniciam o jogo, para executar o comando metacity --replace antes de executar o jogo, então quando você sair o jogo então executa um comando para recarregar o compiz.
Isso precisa ser resolvido antes da chegada do Steam, já que o desempenho realmente sofre agora com o Compiz - por que a união é apenas um plugin para o Compiz? Eu não sei: (