Por padrão, os pacotes php5 extrairão automaticamente todas configurações no diretório conf.d . Não me lembro onde nas configurações, mas há uma diretiva para incluir todas as configurações no diretório /etc/php5/conf.d . É por isso que os pacotes de extensão, como php5-gd , instalam as bibliotecas e também instalam um arquivo conf no diretório conf.d , reinicia o php5 e extrai os dados de lá.