Não sei se o Empathy usa as bolhas do NotifyOSD (não uso o Empathy), mas, se isso acontecer, talvez isso possa ajudar:
Primeiro, instale o NotifyOSD corrigido:
sudo add-apt-repository ppa:leolik/leolik;
sudo apt-get update;
sudo apt-get upgrade;
sudo apt-get install libnotify-bin;
pkill notify-osd;
Em seguida, instale o NotifyOSDconfig:
sudo add-apt-repository ppa:nilarimogard/webupd8;
sudo apt-get update;
sudo apt-get install notifyosdconfig;
Execute o NotifyOSD no launcher ou no menu e configure suas bolhas.
Tudo isso aqui: link