De acordo com a esta postagem , o dpkg tenta remover um pacote de um diretório que não é usado por nenhum outro pacote Debian, assim parece vazio para o dpkg, mas se você colocou outro software em / opt é não está vazio na camada do sistema de arquivos.
Assim, o dpkg continuará subindo a hierarquia de diretórios do sistema de arquivos até exclui todos os ancestrais da instalação, a menos que haja outro pacote que também é instalado sob um ancestral.
Para ver quais pacotes dependem de / opt:
$ dpkg -S /opt
Uma solução, tirada da postagem , é criar um "núcleo pacote personalizado, que conterá o / opt e será exigido por todos os outros pacotes personalizados. Você também pode usar esse pacote como meta-pacote para instalar todos os pacotes regulares que desejar. Não é como se o aviso fosse importante, mas quanto mais limpo melhor.