O GTK3 é instalado por padrão, não faça o download e compile a partir do site do GTK.
Se você quiser usar o GTK3, compile com o GTK2, ou use o PyGObject ao invés do PyGTK se estiver usando Python.
Se você quiser que todos os programas usem o GTK3 ao invés do GTK2, ele não funcionará, é um trabalho para os desenvolvedores de aplicativos portarem suas aplicações.