A instalação do Windows sobrescreverá o MBR de qualquer maneira (teve esse problema há algum tempo). A maneira como você pode fazê-lo funcionar, é fisicamente DESCONECTE a unidade com o seu Ubuntu, removendo-a completamente do seu computador, instalando o Windows na outra unidade e reconectando a unidade com o Ubuntu.
Desta forma, você terá certeza de que o MBR estará correto, pois o instalador do Windows terá absolutamente nenhum acesso à unidade com o Ubuntu, já que ele será separado do computador (mas alguns conselho de pessoas é ainda mais seguro também temporariamente manter a unidade desmontada em uma sala separada, apenas no caso de (não realmente, eu estou apenas brincando) .
Dessa forma, você obterá os dois sistemas instalados em unidades separadas. Após reconectar, certifique-se de alterar sua configuração de BIOS - você deseja iniciar a inicialização a partir da unidade Ubuntu, já que é onde o GRUB está. Note que na primeira inicialização você (provavelmente) não terá uma opção para inicializar o Windows. Para corrigir isso, inicialize no Ubuntu e execute sudo update-grub , isso deve detectar o Windows e adicionar sua entrada ao menu de inicialização.