Você ainda precisa dizer ao javac para adicionar os arquivos jar contendo as classes JOGL no classpath.
Se você usar o JogAmp JOGL 2, inclua os dois arquivos jar gluegen-rt.jar e jogl-all.jar no caminho de classe:
Exemplo faça o download dos últimos jars do JogAmp e compile um aplicativo simples a partir da linha de comando:
#install p7zip-full required to unpack 7z files.
sudo apt-get install p7zip-full
#download and unpack the latest JogAmp JOGL release
wget http://jogamp.org/deployment/jogamp-current/archive/jogamp-all-platforms.7z
7z x jogamp-all-platforms.7z
cd jogamp-all-platforms
#download a simple JOGL example application
mkdir -p demos/es2
cd demos/es2
wget https://raw.github.com/xranby/jogl-demos/master/src/demos/es2/RawGL2ES2demo.java
cd ../..
#compile the jogl example application using javac
javac -cp jar/jogl-all.jar:jar/gluegen-rt.jar demos/es2/RawGL2ES2demo.java
#run the example jogl application
java -cp jar/jogl-all.jar:jar/gluegen-rt.jar:. demos.es2.RawGL2ES2demo
Exemplo2 compile um aplicativo simples jogl usando jars fornecidos pelo pacote Debian / Ubuntu libjogl2-java: O Ubuntu usa os nomes gluegen2-rt.jar e jogl2.jar
sudo apt-get install libjogl2-java
#download a simple JOGL example application
mkdir -p demos/es2
cd demos/es2
wget https://raw.github.com/xranby/jogl-demos/master/src/demos/es2/RawGL2ES2demo.java
cd ../..
#compile the jogl example application using javac
javac -cp /usr/share/java/jogl2.jar:/usr/share/java/gluegen2-rt.jar demos/es2/RawGL2ES2demo.java
#run the example jogl application
java -cp .:/usr/share/java/jogl2.jar:/usr/share/java/gluegen2-rt.jar demos/es2/RawGL2ES2demo
Observe que o Oracle parou de oferecer suporte ao JOGL 1 desde 2009. A comunidade do JogAmp mantém o JOGL 2. link link - A comunidade JogAmp agora mantém o JOGL e o Java3D
A maioria dos desenvolvedores usa o JogAmp JOGL de dentro do Java IDE, como o NetBeans e o Eclipse, aqui está um link sobre como configurar seu ambiente de desenvolvimento. link