SIM - executar o Wubi em cima de uma configuração de armazenamento não suportada pode causar danos! É por isso que você é informado de que não é compatível !
A corrupção de dados certamente afeta o sistema de arquivos NTFS subjacente e os arquivos nele. root.disk
foi um arquivo no Windows, e ele foi apagado , certo?
Tudo o que o log do chkdsk está dizendo é que houve muitos erros na tabela de arquivos mestre ou no índice de arquivos. Os dados do arquivo em si podem não ter sido afetados, mas o sistema de arquivos agora pode não ter ideia de onde encontrar esses dados.
Eu recomendo que você restaure arquivos do backup quando perceber que eles estão faltando.